Die PhotonicNet GmbH wurde am 07.12.2000 mit der Unterzeichnung des Gesellschaftsvertrags gegründet und agiert seit diesem Zeitpunkt als Mandatsträger für das Netz PhotonicNet. Bei der Formulierung des Gesellschaftsvertrages wurde auf Langfristigkeit und finanzielle Nachhaltigkeit durch entsprechende Klauseln Wert gelegt. Die Gesellschafterversammlung, der Beirat und der Geschäftsführer sind die relevanten Organe der PhotonicNet GmbH.

In der Außensicht stellt das Kompetenznetz einen Zusammenschluss als Public-Private-Partnership von F&E-Einrichtungen, Industrieunternehmen und öffentlich sowie teil-öffentlichen Einrichtungen dar, der durch Koordination und Kommunikation sichtbar wird.

PhotonicNet soll in dieser auf Stabilität und Langfristigkeit angelegten Organisationsform die gezielte Entwicklung und Nutzung der Optischen Technologien anregen und nachhaltig unterstützen. Um dieser Aufgabe auch überregional Rechnung zu tragen, ist die PhotonicNet GmbH Mitglied von OptecNet Deutschland e.V., dem Verbund der regionalen Kompetenznetze Optische Technologien mit ihren insgesamt rund  460  Mitgliedern (Download Liste).